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一文献一技术路线:“假基因”调控免疫

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  科研总是需要创新,天天基因这基因那的,还是得换换口味,今天来说说“假基因”;

  不过估计好些人,还不晓得假基因是什么;假基因也称伪基因,是基因进化过程中的不具有编码功能的残留物。它是最早在研究非洲爪蟾过程中发现的。它与正常基因非常相似,但不具有正常基因的功能。近年来研究发现,假基因的异常调节会导致多种疾病的发生和进展,这其中就包括了恶性肿瘤。假基因转录形成的RNA也是非编码RNA中的一种。非编码RNA中其他成员(miRNA, lncRNA, circRNA)研究颇多,看样子假基因接下来或许也要火,哈哈哈…

  言归正传,今天给大家介绍一篇假基因方面的生信分析类的文章,同时该文把假基因和生信擅长的免疫调控结合在了一起。顿时,你就会发现,“大路货”的免疫调控也变得新颖起立了。

  我们知道,免疫系统在调节癌症进展中至关重要。假基因是一种特殊类型的长非编码RNA,可调节不同的致瘤过程。然而,假基因在肿瘤免疫相互作用中的潜在作用仍然很不清楚。那么今天小编给大家分享的这篇文章就报道了假基因RP11-424C20.2及其亲本基因UHRF1在肝细胞癌(LIHC)和胸腺瘤(THYM)中上调和正相关,但与不同的临床结果相关。该文章于8月23日发表在Aging杂志上。

  作者从UCSC 获得RP11-424C20.2序列,并使用lncLocator通过其序列分析其细胞定位。对于数据,使用lncLocator预测长非编码RNA的五个亚细胞定位,包括细胞质,细胞核,胞质溶胶,核糖体和外来体。

  作者分析了8种人类癌症中RP11-424C20.2和UHRF1的相关性以及UHRF1和在LIHC和THYM中来自16种肿瘤浸润性免疫细胞的57种生物标志物的相关性。

  作者从GEPIA获得8种人类癌症中的前200个UHRF1相关基因并使用Metascape对这些基因进行功能富集分析。

  最后作者使用TIMER中的“Gene”模块可视化在8种人类癌症中UHRF1表达与免疫浸润水平之间的Spearman相关性。

  在这一部分,作者发现RP11-424C20.2的高表达水平预测ACC,LIHC, LUAD,MESO,PRAD,SARC以及 SKCM患者的总体存活率更差,但THYM患者的预后较好(图1A和1B)。然后作者使用GEPIA验证RP11-424C20.2的表达水平,发现RP11-424C20.2在LIHC,LUAD,SARC,SKCM和THYM中显著上调(图1C)。为了进一步研究RP11-424C20.2在人类癌症进展中的潜在作用,五个字六个字七八的成语分别有哪些,作者进行了Pearson相关分析结果显示在所有8种癌症中,RP11-424C20.2和UHRF1之间存在强烈的正相关关系(图1D)。并且与正常对照相比,这八种癌症中UHRF1的mRNA表达增加(图1F)。UHRF1也与8种癌症的预后显著相关(图1E)。这些结果表明,THYM和其他类型癌症中的RP11-424C20.2可能通过调节其亲本基因UHRF1的表达而发挥不同的作用。

  为了进一步探索RP11-424C20.2在癌症发展中的潜在功能,作者对8种癌症中UHRF1的前200个相关基因进行了GO和KEGG通路富集分析。结果显示最显著的富集通路是细胞周期(R-HSA-1640170)并且UHRF1与免疫相关的生物学过程密切相关(图3A)。接下来作者使用TIMER分析了8种癌症中UHRF1表达与免疫浸润水平之间的关系。在LIHC和THYM中显示了UHRF1表达和免疫浸润水平的最强相关性(图3B)。最后作者应用TIMER中的“survival”模块进一步评估了肿瘤浸润免疫细胞对LIHC或THYM患者临床结果的影响(图3C)。这些研究结果表明,RP11-424C20.2 / UHRF1轴通过调节肿瘤浸润性免疫细胞水平影响LIHC和THYM患者的临床结果。

  为了验证UHRF1与免疫浸润的关联,作者进一步评估了UHRF1表达与来自LIHC和THYM中16种肿瘤浸润性免疫细胞亚型的57种生物标志物之间的相关性(表1)。结果显示在LIHC和THYM均显著相关。对于CD8 + T细胞和T细胞(一般)的生物标志物,作者观察到在LIHC和THYM中与UHRF1表达的强正相关。

  表1.使用TIMER的UHRF1与免疫细胞的生物标志物之间的相关性分析。

  接下来作者又研究了IFN-γ,结果显示在LIHC和THYM中,IFN-γ表达与B细胞,CD8 + T细胞,巨噬细胞和树突细胞的免疫浸润之间存在相反的趋势(图4A)。作者还发现LIHC和THYM中的IFN-γ表达水平与CTAL-4和PD-L1表达强烈相关(图4B和4C)。这些结果表明RP11-424C20.2 / UHRF1轴可通过IFN-γ信号传导调节CTLA-4和PD-L1表达。

  好啦,这篇文章就介绍到这里啦,以上的这些结果表明RP11-424C20.2 / UHRF1轴通过调节肿瘤免疫逃逸在LIHC和THYM的进展中的不同作用,其至少部分通过IFN-γ介导的CLTA-4和PD-L1途径介导。

  此外,该研究证明了一种综合且可靠的方法,可以根据公共组学数据预测非编码RNA在肿瘤免疫中的潜在作用。

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